ในปี 2008 กุนโดกันเปิดตัวกับทีมชุดใหญ่ของชาลเก้ 04 ในบุนเดสลีกา ซึ่งนั่นเป็นช่วงที่เขารุ่งเรืองอย่างแท้จริง กุนโดกันแสดงความสามารถของเขาและเพิ่มความมั่นใจ กลายเป็นผู้เล่นคนสำคัญของสโมสร ผลงานของกุนโดกันดึงดูดความสนใจของ Borussia Dortmund ซึ่งเป็นหนึ่งในสโมสรชั้นนำของเยอรมนี ในปี 2011 กุนโดกันย้ายไปดอร์ทมุนด์ ซึ่งเป็นจุดเปลี่ยนที่สำคัญในอาชีพของเขา ภายใต้การแนะนำของโค้ชเจอร์เก้น คล็อปป์ ทักษะของกุนโดกันก้าวขึ้นสู่ระดับใหม่ และเขามีบทบาทสำคัญในความสำเร็จของดอร์ทมุนด์ อย่างแชมป์บุนเดสลีกาและพาทีมไปถึงรอบชิงชนะเลิศยูฟ่าแชมเปียนส์ลีกในปี 2013