Eden Dzeko เติบโตขึ้นมาในภูมิภาคที่เต็มไปด้วยความขัดแย้ง เขาพบสิ่งปลอบใจในวงการฟุตบอล แม้จะมีความท้าทายจากสงคราม แต่เขาก็ยังคงมุ่งมั่นที่จะไล่ตามความหลงใหลในเกมที่สวยงาม พรสวรรค์อันน่าทึ่งของเขาได้รับความสนใจจากแมวมองในท้องถิ่นอย่างรวดเร็ว และในไม่ช้าเขาก็ได้ลงทะเบียนในอะคาเดมี่เยาวชนของ Željezničar ซึ่งเป็นหนึ่งในสโมสรฟุตบอลชั้นนำของบอสเนีย

อันดับของ Dzeko อยู่ในระดับที่มั่นคง และเขาเปิดตัวชุดใหญ่ให้กับ Željezničar เมื่ออายุ 17 ปี การแสดงของเขาในฐานะผู้ทำประตูที่มากมายดึงความสนใจของแมวมองจากสโมสรในยุโรป และเขาได้ย้ายไปเล่นกับสโมสร Teplice ของเช็กในปี 2548 ซึ่งเป็นสัญญาณของการเริ่มต้นอาชีพนักฟุตบอลระดับนานาชาติของเขา